Nhờ vào vị trí chỉ huy cấm quân trong thành phố và việc hối lộ bằng quà cáp lẫn tiền bạc mà Justinus được quần thần ủng hộ trong cuộc bầu chọn làm Hoàng đế vào năm 518. Vì khởi đầu bằng binh nghiệp với một ít hiểu biết về thuật trị quốc nên ông đã khôn khéo vây quanh mình với các cố vấn đáng tin cậy làm chỗ dựa vững chắc. Nổi bật nhất trong số này tất nhiên là người cháu Flavius Petrus Sabbatius mà Hoàng đế nhận làm con nuôi và đổi sang tên Iustinianus (Justinianus). Triều đại của Justinus đáng chú ý vì vấn đề giải quyết sự kiện Đại ly giáo Acacianus giữa các nhánh phía đông và phía tây của Giáo hội Thiên chúa giáo La Mã. Là một tín đồ Công giáo mộ đạo, Justinus ủng hộ quan điểm của Rome về câu hỏi hai bản tính của Chúa Kitô và các nguyên tắc tổng quát hơn về quyền tối thượng của La Mã. Sự trì hoãn tạm thời của Giáo hội phương Đông đến Giáo hội phương Tây đã không thể kéo dài lâu được.

Dựa vào các tài liệu của nhà sử học Procopius cho biết rằng Justinianus trị vì đế quốc mang tên của người chú dưới triều đại của Justinus; tuy nhiên, có nhiều bằng chứng ngược lại. Thông tin từ cuốn Bí Sử (lịch sử bí mật) của Procopius được xuất bản sau khi ông mất. Lời bình phẩm của Procopius (mà tác phẩm cho thấy tác giả thất vọng nghiêm trọng với nhà cầm quyền đương thời) đã bác bỏ tác phẩm của mình vì là một nguồn tài liệu có thành kiến nặng nề, cay độc và khiêu dâm, nhưng không có nguồn tham khảo khác, những lời phê bình đã không thể làm mất uy tín một số điều xác nhận trong ấn phẩm. Tuy nhiên, trái với quyển Bí Sử, Justinianus không mang tên này khi kế vị cho tới một năm trước khi Justinus mất và ông đã tiêu tốn hết 3.700 lượng vàng trong một buổi lễ vào năm 520.[12]

Năm 525, Hoàng đế ra lệnh bãi bỏ một đạo luật có hiệu quả cấm một thành viên thuộc tầng lớp nghị viên kết hôn với phụ nữ thuộc một tầng lớp thấp hơn trong xã hội, bao gồm cả rạp hát vốn chịu nhiều tai tiếng vào thời điểm đó. Sắc lệnh này đã mở đường cho Justinianus kết hôn với Theodora, nguyên là nữ diễn viên kịch câm và cuối cùng dẫn đến một sự thay đổi lớn về nạn phân biệt giai cấp cũ tại triều đình. Theodora giờ đây bình đẳng với Justinianus khiến bà có thể tham gia đóng góp vào việc nước với ảnh hưởng đáng kể. Cùng năm đó, thị trấn Anazarbus được Justinus I đổi tên thành Justinopolis nhằm vinh danh chính mình trước thần dân của Đế quốc Đông La Mã.